Der Ursprung der botanischen Aktivitäten in Altenburg geht auf die von 1804 bis 1806 wirkende Botanische Gesellschaft zurück. Sie war eine der ersten botanischen Gesellschaften in Deutschland. Ihr Herbarium und die Bibliothek gingen später in die Sammlung der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes über. Ebenso fanden einige Mitglieder der Botanischen Gesellschaft in der phytologischen Sektion der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes ein Betätigungsfeld. So der Altenburger Kammerrat Carl Friedrich Waitz, der als hervorragender Kenner der Pflanzen besonders hervorzuheben ist. Nach ihm wurde eine Pflanzengattung Waitzia benannt.

Bei der Erforschung der heimischen Pflanzenwelt entstanden bedeutende botanische Belegsammlungen und Abhandlungen, so auch ein durch die Apotheker R. Stoy und A. Schultze publiziertes Verzeichnis der Samenpflanzen um Altenburg. Zahlreiche floristische Beobachtungen zu Beginn des 20.Jahrhunderts, festgehalten in Artenkarteien, werden heute herangezogen, um Veränderungen in der regionalen Pflanzenwelt zu belegen.

Das Herbarium der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes ist nicht als geschlossene Kollektion erhalten geblieben. Ungefähr 2700 Herbarbögen wurden 1966 vom Herbarium Haussknecht der Universität Jena übernommen. Im Mauritianum befinden sich aus dem Bestand der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes noch 926 Herbarbögen sowie tropische Früchte, Samen und Holzproben.

Die botanische Sammlung zählt heute ungefähr 10 500 Farn- und Blütenpflanzen, Algen, Moose, Pilze sowie Flechten (siehe Tabelle). Davon sind ca. 7000 wissenschaftliche Belege, die vor allem die Flora des Altenburger Landes dokumentieren. Ein nicht unerheblicher Teil der wissenschaftlichen Sammlung wurde auch außerhalb des Landkreises während Exkursionen und Urlaubsreisen gesammelt. Hervorzuheben sind diesbezüglich Aufsammlungen im Rahmen eines 10jährigen Forschungsprojektes des Museums und des Förderkreises in Siebenbürgen/ Rumänien. Die Herbarbögen der wissenschaftlichen Sammlung sind zum größten Teil nach 1950 datiert.

Neben der wissenschaftlichen Sammlung existiert die botanische Lehrsammlung. Hier gingen zunächst die undatierten Herbarbögen, tropische Früchte, Samen und Holzproben aus den Beständen der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes des 19. Jahrhunderts ein. Bei den Kryptogamen (Algen, Moose, Pilze, Flechten) sind aus dieser Zeit Exsikkatenwerke erhalten geblieben, die einst zu Vergleichszwecken herausgegeben worden waren. Außerdem finden in der Lehrsammlung heimische und fremdländische Pflanzen und deren Früchte ihren Platz, die in Zusammenhang mit Ausstellungen in den letzten Jahren zusammengetragen wurden.

Tab. 1: Anzahl der Aufsammlungen in der botanischen Sammlung des Mauritianums

Herbarblatt aus dem 19. Jahrhundert