Ebenso bedeutend wie die Naturaliensammlung war die naturwissenschaftliche Bibliothek der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes. Sie nahm vor allem Bezug auf den regionalen Naturraum und bildete die Grundlage für die Auswertung und Bearbeitung der Naturaliensammlung. Jedoch gelang es der Gesellschaft nicht, Bibliothek und Naturalien auch stets räumlich zu vereinen. So konnte leider 1908 beim Einzug in das neuerbaute Mauritianum die Büchersammlung aus Platzgründen nicht aufgenommen werden. Diese Trennung der wissenschaftlichen Literatur von den übrigen Sammlungen sollte jedoch entscheidend für das spätere Schicksal der Bibliothek werden. 1953 kam es im Zuge der Neuordnung des Bibliothekswesens der DDR zur Überführung der naturwissenschaftlichen Büchersammlung der Naturforschenden Gesellschaft des Osterlandes an die Universitätsbibliothek Jena und letztlich zu ihrer Auflösung.

Zu dieser Zeit hatte sie einen Umfang von 29 000 Bänden. Darunter befanden sich zahlreiche bibliophile Kostbarkeiten, beispielsweise zehn Bände "Illustriertes Tierleben" von Alfred Brehm in der bis heute von manchem angezweifelten Farbausgabe. Der größte Teil der Bücher wurde an Bibliotheken und an Antiquariate des In- und Auslandes abgegeben. Im Mauritianum sind lediglich 1500 Bände als Handbücherei verblieben und bilden die historische Bibliothek des Museums. Seit dieser Zeit wurde die Bibliothek durch Ankauf, Geschenke und Tausch mit naturwissenschaftlicher Literatur bereichert. Zu ihrem Bestand zählen derzeit über 6000 Bücher.

Außerdem befindet sich im Mauritianum eine umfangreiche Zeitschriftenbibliothek mit ? Zeitschriftenreihen. Sie sind vor allem den Bereichen Zoologie, Botanik, Geologie und Naturschutz/Ökologie zuzuordnen. Den größten Teil der Zeitschriften erwirbt das Museum im Tausch mit Institutionen und Bibliotheken für die museumseigenen Zeitschriften "MAURITIANA" und "Altenburger naturwissenschaftliche Forschungen".
Die Bibliothek unterliegt nicht dem öffentlichen Leihverkehr. Interessenten (Schüler, Diplomanden, Studenten oder Laienforscher) haben aber die Möglichkeit, kostenfrei die Literatur auszuleihen.

Geschenk von Ernst Haekel (1834-1919),
Ehrenmitglied der NGdO, an die Naturforschende
Gesellschaft des Osterlandes zu Altenburg